KotakGame

Game ini mengambil masa dua tahun setelah perjalanan Yuna. Setelah Yuna berhasil mengalahkan Sin. Penduduk Spira mengikuti ajaran Yevon dan mendapatkan membuka hubungan dengan mantan musuhnya, Al Bhed. Saat itu terjadi Revolusi Machina, masa orang-orang percaya bahwa machina adalah sesuatu yang berguna dan menguntungkan selama digunakan dengan wajar. Meskipun kehidupan sudah damai dan tentram, ada kehampaan pada Yuna. Dia merasa ada sesuatu yang disembunyikan. Suatu hari Yuna mendapatkan sphere mistis yang didalamnya terdapat gambaran apa yang akan terjadi dengan Blitzball. Meskipun tidak yakin, dengan gambaran tersebut, Yuna tetap pergi mencarinya. Ini adalah kisah Yuna.