Sam Fisher akan menjalankan misi yang lebih berat yaitu menjadi agen yang menyamar dan masuk ke dalam anggota teroris untuk menghancurkannya dari dalam. Sam akan mengalami dilemma menjadi agen yang menyamar. Disini kamu tidak boleh membunuh terlalu banyak teroris kalau tidak mau identitasmu ketahuan. Tetapi apabila terlalu lama untuk membunuh maka akan menyebabkan kematian orang banyak.