Kelompok Star Fox kembali dengan pertarungan mereka yang intensif, dimana mereka harus menghadapi ancaman baru baik di udara maupun daratan. Beberapa tahun setelah bencana yang baru saja terhindarkan di planet dinosaurus. Pusat komando mendapatkan berita tentang ancaman baru yang menyebar disekitar orbit matahari. Kelompok Star fox yang terdiri dari Fox McCloud, Slippy Toad, Peppy Hare dan Falco Lombardi, kembali menggabungkan kekuatan untuk mengatasi ancaman yang ada.