Di ambil dari Super Mario 64, Super Mario Sunshine berbeda dengan seri Mario lainnya. Mario dibantu oleh Yoshi. Yoshi bisa memakan musuh dan mengubahnya menjadi koin. Yoshi juga bisa makan buah-buahan dan warna berubah mengikuti warna buah. Yoshi akan hilang bila tidak makan buah dalam waktu tertentu.