Dahulu kala terjadi suatu kejadian bencana besar yang dikenal sebagai great disaster (bencana luar biasa) yang terjadi di pusat Mana Tree. Seorang lelaki dan perempuan dengan menggunakan Sword of Mana menyelamatkan dunia dari bencana. Sekarang setelah beberapa tahun kemudian, sekelompok yatim piatu pergi menyelidiki kejadian tersebut. Pemain berpetualang dari benua ke benua mencari kebenaran kejadian tersebut.