Ship Simulator 2006 menyajikan 9 jenis kapal yang dapat dimainkan. Kamu dapat mengemudikan kapal-kapal tersebut pada pelabuhan Rotterdam, Hamburg atau pulau tropis Phi Phi di Thailand. Permainan simulasi ini memiliki 31 misi dimana anda harus mengemudikan kapal menuju suatu tempat tertentu atau menyelamatkan berbagai orang yang akan tenggelam dalam permainan. Sebagai tambahan, permainan ini memiliki skenario editor yang memungkinkan anda untuk membuat skenario milik anda sendiri.