Sebuah game action menegangkan yang dibuat berdasarkan pada acara TV-nya. Sang protagonis dari game Prison Break ini adalah agen Tom Paxton. Ia dikirimkan ke penjara Fox River State Penitentiary untuk mencari tahu kenapa Michael Scofield (karakter utama dalam cerita Prison Break), seorang pria yang sama sekali tidak pernah memiliki catatan kejahatan sebelumnya, akhirnya berubah menjadi seorang perampok bank. Jalan ceritanya yang diberikan disini akan berhubungan dengan season pertama dari Prison Break, dimana Paxton akan berhadapan dengan beberapa karakter yang ada di filmnya dan merasakan sendiri beberapa adegan kunci dari sudut pandangnya sendiri.