HoniePop berkisah tentang petualangan pemain pada sebuah universitas yang mayoritas muridnya adalah wanita, setidaknya pada game ini terlihat seperti itu. Pada awal permainan, pemain diharuskan untuk memilih jenis kelamin terlebih dahulu. Namun, ketika proses bermain, pemain dapat mengubah jenis kelamin dan juga pilihan lainnya seperti tingkat kesulitan (easy, normal dan hard) sesuka hati.