Legend of Mana berseting didunia fiksi Fa’diel. Pohon Mana telah memberikan kehidupan bagi seluruh dunia. Tapi kedamaian pecah akibat perang antara manusia, dan para peri yang mencari-cari kekuatan mana yang langka yang masih tersisa, ketika perang selesai, pohon mana yang telah terhisap kekuatannya tertidur dan akibatnya banyak daratan didunia berubah menjadi sebuah artifak kuno. Pemain akan berperan sebagai seorang anak muda yang mencoba mengembalikan kekuatan mana yang telah hilang dari seluruh dunia. Akibat dari berubahnya pohon ini, banyak makhluk berubah menjadi monster.