Breath of Fire II juga pertama kali dirilis untuk handheld SNES dan kemudian di-remake kembali untuk handheld GBA. Desain karakter masih tetap dipegang oleh Tatsuya Yoshikawa dari Breath of Fire pertama.
Keluarga Ryu tiba-tiba menghilang secara misterius dan penduduk di desanya semuanya tidak ingat siapa Ryu ini. Lalu dia bertemu dengan Bow yang mengajaknya kabur ke kota besar dan hidup menjadi pencuri.
Di sini Ryu akan dibantu oleh Nina (berbeda dengan seri pertama, Nina yang ini memiliki sayap hitam yang membuatnya diasingkan oleh klannya), Bow, Katt, Rand, Sten, Jean, dan Spar. Bleu dari seri pertama juga bisa direkrut sebagai karakter tambahan.