Golden Sun: The Lost Age merupakan sekuel langsung dari Golden Sun pertama. Dua antagonis dari seri pertama, Saturos dan Menardi, telah dikalahkan oleh grup Isaac. Sebelum dikalahkan, mereka berdua telah sukses mengaktifkan 2 dari 4 mercu suar. Sekarang, sisa teman mereka berdua, Felix, kini meneruskan rencana Saturos untuk mengaktifkan sisa 2 mercu suar. Di belakang mereka, grup Isaac sedang mengejar grup Felix: yang satu ingin mengaktifkan mercu suar, sedangkan yang satu lagi hendak menghentikan pengaktifan mercu suar. Nantinya, mereka berdua akan bertemu di tengah perjalanan. Karakter yang hadir adalah karakter yang ditangkap di seri pertama: Felix, Jenna, Kraden, dan Sheba.