Game Final Fantasy kali ini (sekarang benar-benar final/ selesai) menceritakan kisah banjir besar yang melanda kota-kota di masa lalu, masa kini dan masa depan. Kamu mengendalikan empat orang dengan pilihan kelas manusia dan mutan. Tujuannya untuk mengumpulkan potongan-potongan dari kapal kuno Talon dan mengalahkan musuh yang mengakibatkan banjir besar tersebut. Bila kamu berbuat perubahan di masa waktu tertentu akan mengubah hasil di masa yang sesudahnya.