Masih lanjutan dari seri Super Mario Bros, SMB3 mempunyai perbedaan dari game sebelumnya. Misinya kali ini adalah menyelematkan tujuh raja dari kerajaan tetangga Jamur yang diculik oleh Raja Bowser. Namun, ternyata penculikan raja-raja tersebut merupakan pengalih perhatian dari Bowser untuk menculik Putri Toadstool. Jadilah Mario dan Luigi juga harus menyelematkan sang Putri dari tangan Bowser.