Return to Mysterious Island akan membawa pemain pada Mina, seorang wanita perkasa yang melakukan ekspedisi mengeliling dunia sendiri. Terjebak dalam badai yang sangat besar, ia pun terdampar di sebuah pinggiran pantai di suatu pulau yang tampaknya tak berpenghuni. Selagi ia melakukan penjelajahan disekitar pulau tersebut, ia menemukan sebuah artifak dan teknologi misterius yang ditinggalkan orang yang datang sebelumnya. Bantulah ia melewati semua teka-teki menggunakan berbagai teknologi yang ditemukan agar bisa pergi dari pulau tersebut selamanya.