Player akan berperan sebagai Komandan pasukan wanzer milik squadron USN, Walter Feng. Ceritanya akan mengambil seting disemua rentang waktu, yang ada di dalam sejarah Front Mission. Segala elemen yang ada di game terdahulu bisa player jumpai kembali dalam game ini.
Saat pembukaan, Walter dan kawan-kawannya saat masih kecil menyaksikan perang yang pertama kali meledak tahun 2070. kemudian semua temannya memutuskan untuk masuk kedalam militer dan bergabung dengan aliansi yang saling bertikai, USN dan OCU. Hal ini menjadi sebuah dilema bagi Walter karena ia harus berhadapan dengan teman masa kecilnya untuk bertempur dengan alasan membela Negara.