Kingdom Hearts menceritakan tentang Sora, seorang anak lak-laki berusia 14 tahun yang dunianya hancur dihantam badai ganas. Dia terpisah dari dua sahabatnya, Riku, seorang bocah laki-laki dan Kairi, seorang anak perempuan berusia 14 tahun. Akibat badai tersebut mereka terpisah ke tiga penjuru dunia yang asing.