Seri terakhir dari Xenosaga, ber-setting satu tahun setelah Episode II di mana sekarang Shion telah keluar dari Vector dan bergabung dengan organisasi bernama Scientia untuk mengungkap rahasia Vector. Kali ini di Episode III hadir dengan desain karakter baru yang jauh lebih bagus dibandingkan dengan dua seri sebelumnya dan juga grafik yang hadir juga jauh lebih halus. Karakter baru diperkenalkan di sini yaitu android bernama T-elos, musuh bebuyutan KOS-MOS. Semua misteri mengenai kehadiran Gnosis, wajah dibalik topeng para Testament, dan siapa sebenarnya Shion, Chaos, KOS-MOS dan T-elos akan terungkap! Ada tiga tambahan karakter yang bisa kamu gunakan, namun hanya pada saat tertentu saja. Mereka adalah Allen, Miyuki, dan Canaan. Untuk musik sekarang dikerjakan sepenuhnya oleh Yuki Kajiura.