Dalam Panzer Dragoon Orta, pemain akan bermain sebagai seorang gadis muda bernama Orta, seseorang yang telah ditahan sebagai tahanan penjara seumur hidupnya. Namun seekor naga yang misterius menolongnya dan membawanya terbang keluar dari menara tahanannya. Selagi diluar, Orta akan beusaha melindungi diri dan berhadapan dengan kerajaan setempat yang menganggapnya sebagai pembawa kehancuran bagi kerajaan mereka.