Dalam game ini anda akan berperan sebagai Samus Aran dengan baju tempurnya yang sangat khas. Tugas anda tetap memberantas Alien di planet-planet asing dengan mengandalkan baju tempur yang memiliki berbagai kelebihan dan kekuatan,dengan sudut pandang orang pertama selama permainan. Game ini menggunakan fungsi dari Wii-mote untuk membidik dan menembak. Dalam seri ini Samus akan berhadapan dengan sisi gelap dari dirinya yang bernama Dark Samus.