Berseting di tahun 2102, Front Mission 2 ceritanya berputar di OCU dan Alordesh, saat itu prajurit OCU Ash Faruk dan Lisa Stanley, tertangkap saat tidak sengaja ditempat kejadian perkara saat Alordesh sedang berperang dengan OCU. Mereka mencoba kabur dari Rimian Naval Base, dan melawan pasukan negara sendiri. Mereka menjadi penjahat perang yang dicari-cari karena dianggap menyulut perang antara OCU dan Alordesh. Lalu untuk membersihkan namanya mereka kembali dari pelarian dan melawan semua agen pemerintahan.