Berbeda dengan seri sebelumnya, pada Suikoden III diperkenalkan sistem cerita dari sudut pandang 3 jagoan utama. Hugo anak pengembara dari klan Karaya, Chris Lightfellow seorang ksatria dari bangsa Zexen, dan Geddoe yang merupakan anggota dari pasukan pertahanan selatan harmonian. Mereka akan terlibat dalam konflik politik dan bertemu satu sama lain.