Seperti namanya, Agent A: A Puzzle in Disguise merupakan game puzzle dengan tema agen mata-mata ala James Bond. Dengan gaya permainan point-and-click adventure, pemain ditugaskan untuk memburu dan menangkap Ruby La Rouge dengan menyusupi tempat persembunyiannya. Kotakers bisa tap di layar untuk mengecek objek, memecahkan puzzle dan menggunakan berbagai macam item untuk meringkusnya.