Dalam Shogun Empire, pemain akan memain peran satu dari dua bersaudara yang terjebak dalam pertempuran berdarah di masa feodal Jepang. Berusaha menguasai wilayah tetangga dan mengumpulkan pasukan hebat, hanya satu pejuang yang mampu bertahan hidup hingga akhir permainan untuk merealisasikan ambisinya dan mendapatkan gelar Shogun.