Spectrobes: Beyond The Portals melanjutkan cerita dari Rallen dan Jeena, petugas patroli antar galaksi yang menemukan dan melatih makhluk misterius yang dikenal sebagai Spectrobes dan melatih mereka untuk bertempur melawan musuh. Cerita membawa pemain ke sekitar asal dari sebuah portal misterius yang membawa ke suatu dimensi jauh.