Permainan dibuka dengan Sonic yang sekali lagi sukses menghentikan ulah jahatnya Dr.Eggman. Sepulangnya dia ke Greenhill Zone, ia diberitakan oleh Tails bahwa Knuckles telah diculik oleh orang-orang tak dikenal dan bukan oleh Dr. Eggman. Jadi kini menjadi tugas Sonic dan Tails untuk menyelamatkannya. Permainan ini terdiri dari 10 chapter, ceritanya akan berkembang terus mendalam hingga kita mengetahui siapa musuh sebenarnya.