Para penduduk Sharance beserta tetangga mereka Univir yang merupakan makhluk bertanduk, telah terlibat dalam konflik yang berkepanjangan. Kebencian yang mendalam antara manusia dengan monster telah memecah belah mereka. Micah adalah seorang petualang dengan sebuah misteri yang tidak biasa: ia adalah manusia setengah monster. Sekarang, ia harus berusaha untuk menggabungkan kembali manusia dengan Univir tepat pada waktunya demi menghentikan kekuatan jahat yang terus berkembang dan mengancam akan menghancurkan kedua ras tersebut.
Rune Factory 3 akan memperkenalkan sejumlah fitur baru ke dalam franchise Rune Factory ini. Beberapa fitur baru tersebut di antaranya adalah para penduduk yang telah bersahabat dengan kamu akan ikut bergabung dalam pertarungan dan meminjamkan kemampuan mereka yang cukup unik. Selain itu, kamu juga bisa merubah karakter utama kamu menjadi monster untuk mengeluarkan sederetan gerakan yang mematikan. Ditambah lagi dengan adanya mode permainan multiplayer yang memungkinkan tiga orang untuk bekerja sama dalam menaklukkan sebuah dungeon unik yang penuh dengan barang-barang langka serta monster yang menakutkan.