Mega Man Legends 3 adalah game Capcom pertama yang dikembangkan bersama oleh para penggemar. Prototyper Version memberikan pemain kesan pertama dari Mega Man. Memungkinkan mereka melihat permainan pada saat awal pembangunan. Juga memperkenalkan karakter baru untuk franchise, pemimpin yang sebrono sebuah geng bikers Sky, Barrett.