Puchi Puchi Virus menerapkan langkah yang berbeda dibanding Puzzle tradisional seperti Tetris. Konfigurasi “Object Drop” diganti menjadi “Object Linkage”. Desain gameplay yang simple ini secara mengejutkan berhasil membuat game Puchi Puchi Virus menjadi game yang sangat adiktif. Tujuan utama permainan masih sederhana. Pemain diharuskan menghapus semua virus yang ada pada layar. Tetapi terkadang ada beberapa penambahan efek samping pada virus yang menambah keasyikan tersendiri dalam permainan.