Berlokasi di Tokyo tahun 2049, Crimson Tears mengirim pemain kepada perjalanan epik dari tiga senjata perang biologis buatan manusia. Terjebak dalam misteri yang menyelimuti peristiwa kehancuran kota asal mereka, trio tersebut harus melakukan pertempuran menghadapi gerombolan musuh yang mengepung mereka.