Kamu akan mengendalikan Sam Fisher, mantan anggota CIA dan SEAL yang ditugaskan untuk mengumpulkan informasi dari musuh-musuh negaranya. Sam Fisher adalah anggota dari Splinter Cell yang merupakan sebuah tim buatan pemerintah yang diberi kebebasan penuh untuk bertindak dan keberadaannya dianggap tidak ada. Tim ini adalah tim bayangan yang ditugaskan pemerintah untuk tugas-tugas menyelinap dan assassination. Sam akan menjalankan misi-misinya dengan berbagai alat-alat canggih.