Mengikuti kelanjutan dari kejadian sebelumnya pada seri Deus Ex pertama, dunia telah memasuki masa pemulihan. Pada keadaan yang masih lemah ini, sekelompok militer berbahaya dari seluruh dunia mulai merencanakan untuk menguasai dunia dan sudah menjadi tugasmu untuk bertempur demi menjamin keamanan dunia yang baru akan pulih ini.