Spectrobes memperkenalkan petugas patroli antar planet bernama Rallen dan Jeena yang mempelajari sesuatu yang aneh. Sebuah makhluk prasejarah yang dikenal sebagai Spectrobes dan mempunyai kekuatan spesial. Makhluk-makhluk tersebut memegang kunci untuk mengalahkan pasukan yang mengancam untuk menghancurkan galaksi yang dikenal sebagai Krawl. Bersama dengan Spectrobes, kedua pahlawan tersebut memulai suatu misi untuk menyelamatkan galaksi.