The Suffering mengambil tempat di suatu penjara dengan penjagaan yang super ketat. Disini pemain akan bermain sebagai tahanan bernama Torgue yang ditahan dan akan dihukum mati untuk sebuah pembunuhan yang sebenarnya mungkin tidak ia lakukan. Di malam pertama Torque tiba di sebuah penjara di pulau Carnate, terjadi sebuah gempa bumi yang kuat yang melepaskan sejumlah pasukan monster di penjara tersebut. Torque yang terbebas dari ruang tahanannya harus berusaha mempertahankan hidup dan melarikan diri dari pulau tersebut hidup-hidup.