Digimon World 2 memliki gameplay yang sangat berbeda dengan game sebelumnya, peningkatan grafis, dan storyline dibuat untuk memikat para fans Digimon. Namun sayangnya, hal tersebut tidak berhasil, terbukti bahwa game ini tidak begitu menarik dan stroylinenya dinilai sangat monoton. Seperti serial Pokemon yang petualangannya itu-itu saja, nampaknya Bandai tidak mau ambil pusing untuk masalah ini.
Ceritanya sendiri akan berpusat pada gamer yang berperan sebagai seorang penjaga kedamaian di dunia digital, namun gamer kali ini dapat lebih fokus dalam memelihara dan menangkap berbagai digimon yang tersebar luas didunia digital. Masih mengambil seting dari serial animasi Digimon Zero Two, gamer akan bertemu dengan seorang Kaisar Digimon yang menguasai dunia digital saat ini.