Sekali lagi sebagai Sam Fisher, gamer akan membantu tentara Amerika dalam wilayah konflik di Indonesia. Karena saat itu terjadi perang antara Timor Timur dan tentara gerilya dari Indonesia. Gamer juga harus menyelamatkan warga sipil dari wilayah konflik tersebut. Fakta bahwa hal ini adalah sebuah kejadian nyata memang membuat kita berpikir, karena dalam game ini Indonesia adalah pihak yang jahat yang melakukan berbagai kejahatan di Timor Timur, seperti menangkap Diplomat Amerika, Membantai ratusan warga sipil di Timor Timur, membuat sebuah rencana jahat bernama Pandora Tomorrow yang berniat menggulingkan pemerintahan Amerika.