Dalam storyline kali ini, karakter dari game sebelumnya John Clark telah pensiun dan menyerahkan pimpinan Rainbow Six kepada Domingo Chavez. Pada saat berbenah kantor lamanya ia mengingat-ingat kembali misi yang pernah ia jalani bersama pasukan Rogue Spear. Ia meninggalkan tim untuk bisa belajar dan mendapatkan kembali ketenangan dalam hidupnya.