Dalam game ini palyer akan berperan menjadi Alex Mercer, seorang yang telah berubah menjadi mutan tanpa mengentahui siapa dirinya sebenarnya. Akhirnya ia mencoba untuk memecahkan berbagai misteri tentang dirinya sendiri. Berlatar belakang kota New York, gamer tinggal memilih jalannya sendiri, dihancurkan atau menghancurkan. Keluarkan sepenuhnya kekuatan Alex untuk menguasai kota.