Berseting dijaman feudal kekaisaran Jepang. Dalam Tenchu : Fatal Shadows pemain tidak akan bermain sebagai Rikimaru. Ia dinayatakan hilang dalam serial sebelumnya. Kini sebagai Ayame dan sahabat barunya Rin, mereka melanjutkan misi yang diemban oleh Rikimaru untuk mengabdi kepada Lord Gohda. Suatu hari mereka sedang berpatroli, Ayame melihat sebuah desa Ninja dihancur oleh pasukan misterius. Namum mereka terlambat dan berharap masih bisa menemukan seseorang yang selamat, dalam pencarian orang-orang yang selamat mereka cuma menyebutkan satu kata "kuroya" sebelum nafas terakhirnya. Kini perjalan untuk mencari tahu penyebab hancurnya desa hagakure dan siapa Kuroya akan dimulai, pemain akan banyak menemukan banyak kejutan, mungkin bisa bertemu kembali dengan Rikimaru yang sudah mati??.