Sembilan bulan yang lalu, Point Man dan tim F.E.A.R. diminta untuk menghentikan seorang kanibal yang dikaruniai kemampuan telepati dan telah memulai kegiatan pembunuhannya. Point Man akhirnya mengetahui bahwa target yang dimaksud disini adalah saudaranya sendiri, Paxton Fettel, yang bekerja sama dengan ibu mereka yang sangat kuat, Alma Wade. Walau begitu, Point Man tetap mengikuti perintah untuk menghancurkan mereka dan berakhir dengan kehancuran kota-kota yang ada di sekitarnya serta sebagian besar tim F.E.A.R. Sekarang, jelas sudah bahwa pengaruh psikis Alma masih tetap hidup dan yang parahnya lagi, ia telah melahirkan sesuatu yang bisa menghancurkan dunia.
Fettel telah kembali dari kematian dengan niat yang tidak jelas dan menolak untuk meninggalkan Point Man serta meminta tolong kepadanya untuk mencari Alma. Sisa kelompok F.E.A.R. sendiri masih tetap berusaha untuk menyelesaikan misi mereka itu. Dengan rantai kepemimpinan yang sudah hancur dan Point Man sudah tidak punya siapa-siapa lagi, siapa yang akan dipilihnya?
F.E.A.R. 3 memperkenalkan mode permainan co-op, sehingga memungkinkan gamer untuk menggunakan kemampuan yang berbeda-beda dan yang pastinya akan menyebabkan gaya bermain seseorang berbeda dibandingkan dengan biasanya. Disini, gamer bisa bermain dalam single-player ataupun mode co-op sebagai Point Man, seorang prajurit super yang pertama kali diperkenalkan dalam F.E.A.R. atau kamu bisa bermain sebagai saudaranya, Paxton Fettel, yang memiliki kemampuan telekinesis yang sangat hebat itu.