Seri ketiga MegaMan Battle Network ini mengambil setting 1 bulan setelah kejadian Gospel di seri kedua. Kali ini musuh lama Lan dan MegaMan kembali lagi, Dr. Wily, yang telah membentuk kembali organisasi WWW. Sekarang dia hendak mencari dan membebaskan Alpha, sebuah versi prototype yang sangat jahat. Untuk membebaskannya, dibutuhkan TetraCodes, sebuah password, untuk membuka firewall yang dimana Alpha disegel dibaliknya, yang tentu saja lokasinya rahasia.
Berbeda dengan 2 seri sebelumnya, Battle Network kali ini hadir dalam 2 versi: Blue dan White. Tidak ada perbedaan dalam cerita, hanya musuh yang akan kamu lawan nantinya. Di versi Blue kamu akan melawan BowlMan dan ada bos tambahan, Punk. Sedangkan di versi White, kamu akan melawan MistMan dan di versi ini tidak memiliki bos tambahan seperti Blue.