Suku patapon berani menyeberangi jembatan baru yang dibangun pada akhir patapon 2. Sebuah kotak misterius yang terletak di jalan dan mereka menggabungkan upaya mereka untuk menghancurkannya. Mereka berhasil membukanya dan melepaskan tujuh roh jahat! Semua patapons yang berubah menjadi batu kecuali Hatapon. Dia telah lolos dari tragedi itu dan menemukan perak Hoshipon di bagian bawah kotak yang member kekuatan baru untuk mengalahkan roh-roh jahat; Superhero Patapon.
Yang ketiga dalam seri game inovatif, irama berbasis 2D, Patapon 3 memperkenalkan Superhero baru Patapon, yang dimana pemainnya dapat digunakan untuk musik pertarungan, menghancurkan lawan dengan mematikan, serangan berirama. Pemain bisa mengikuti Multiplayer quest dengan teman-teman atau pergi sendiri dalam pertarungan empat lawan empat terhadap lainnya yang juga bermain Patapon dengan sambungan koneksi (sampai delapan pemain). Patapon merupakan pengalaman yang disesuaikan sepenuhnya, dengan senjata yang berbeda dan kemampuan menggabungkan music dan tari untuk menciptakan petualangan yang penuh ritme dan perang.