Cerita Naruto Ultimate Ninja Heroes 2 � The Phantom Fortress bergerak di sekitar kastil hantu misterius yang tiba-tiba muncul di Hidden Leaf Village. Kehadiran kastil hantu ini menyerap hawa kehidupan orang-orang. Saat Naruto mencari tahu siapa yang ada dibelakang insiden ini, dia terjebak dalam suatu bayangan ilusi tentang masa lalu dan seorang wanita bertopeng yang mendendam terhadap Ninja Leaf. Naruto bergabung bersama teman-temannya untuk mengalahkan musuh yang kuat ini dan memecahkan teka-teki ini.