Gundam Breaker 3 menceritakan tentang para anak muda yang terjun dalam pertandingan fiksi karakter Gunpla (Gundam Plastic) yang telah disediakan pada toko dalam game Gundam Breaker 3. Gamers akan membantu karakter Misa yang merupakan anak perempuan dari pemiliki toko mainan Gunpla, gamers akan saling bersaing Gunpla pada beberapa turnament yang diselenggarakan, dari tunament nasional hingga bertarung untuk mendapatkan part Gunpla.