Bowser kembali membuat ulah di GBA. Dia dan anak-anaknya yang bandel mengubah raja-raja setempat menjadi binatang. Jadilah Mario dan Luigi harus menghentikan mereka. Banyak pendapat yang mengatakan bahwa ini merupakan game Mario terbaik. Pemain harus berlari, melompat dan menginjak musuh untuk menyelesaikan setiap world. Tentu saja masih sama dengan Mario sebelumnya, game ini pun ada 8 world yang harus diselesaikan.