Sistem tata surya dari Magical Starsign terdiri dari 6 planet yaitu: Api, Kayu, Angin, Air, Tanah dan suatu planet kecil di pinggir tata surya yang disebut Kovomaka. Di sana terdapat akedemi sihir, tempat 5 penyihir sedang belajar di bawah bimbingan guru Madeline. Suatu hari kepala sekolah akedemi tersebut menerima berita bahwa Master Kale seorang lulusan akademi telah menjadi pembajak angkasa dan bermaksud untuk menghancurkan sistem tata surya. Maka dikirimlah Madeline ke angkasa untuk mencegahnya, namun tidak ada kontak. Kita berpetualang menyelamatkan Madeline dan berkumpul dengan murid lainnya untuk menggagalkan rencana jahat Master Kale.