Bergerak seperti bayangan, menyerang dengan sekali sabetan layaknya ular berbisa… pemain akan memulai hidup baru sebagai ninja setelah kekuataan kegelapan berhasil menghimpun kekuatan, sang misterius Tenrai memulai untuk menggulingkan pemerintahan Jepang saat itu. Untuk menghentikan hal tersebut Lord Gohda memanggil kamu lagi sebagai seorang ninja untuk segera menghentikan Tenrai dan semua pengikutnya sebelum semuanya terlambat.
- Kisahnya kebanyakan berfokus pada Rikimaru yang kembali dari perjuangannya melawan The Three Jewels.
- Pemain masih dapat memilih karakter mana yang akan lebih dulu dimainkan.
- Setiap karakter memiliki jalan cerita sendiri dan akan berpengaruh kepada karakter lainnya sesuai dengan pilihan dan hasil akhir dari misi yang kamu mainkan.
- Gameplay masih sama dengan pendahulunya.
- Peningkatan disektor grafis dan sound membuat permainan semakin menegangkan.