KotakGame

Mengambil setting 3 bulan setelah MegaMan Battle Network pertama, cerita dimulai dengan terkalahkannya organisasi WWW dan dunia kembali damai, namun hanya sementara waktu. Tidak lama kemudian muncul sebuah organisasi baru yang dikenal dengan nama Gospel, yang memiliki niat jahat.

Operator NetNavi diberikan kesempatan untuk menjadi City NetBattler, namun masih dibawah Official NetBattler seperti Lan, yang memungkinkan dia untuk menjelajahi seluruh dunia nyata dan dunia maya. Kemudian diketahui kalau rencana Gospel adalah untuk mengumpulkan 4 program komputer kuat yang dinamakan SuperProgram yang digunakan untuk membuat SuperNavi yang memiliki kekuatan yang sangat besar. Maka sekali lagi, Lan dan MegaMan kembali beraksi untuk menyelamatkan dunia dari tangan Gospel.