KotakGame

Lima bulan telah berlalu sejak kejadian di MegaMan Battle Network 3. Beberapa peneliti tiba-tiba menemukan sebuah asteroid besar yang sedang meluncur ke Bumi dan meraka pun segera memberitahu dan memperingatkan atasan mereka mengenai ancaman baru ini.

Sementara itu, Lan dan MegaMan sedang terlibat dalam pertarungan melawan Navi yang sangat kuat, ShadeMan. ShadeMan terlalu kuat untuk dikalahkan dan tidak lama kemudian, ProtoMan datang membantu MegaMan dan ShadeMan pun mundur. ShadeMan menjatuhkan sebuah chip aneh yang kemudian diberitahukan oleh Higsby bawah itu adalah DarkChip, sebuah chip yang dapat membuat Navi menjadi jahat dan sangat kuat.

Seri keempat kali ini juga dirilis dalam 2 versi: Blue Moon dan Red Sun. Perbedaan ada pada Navi yang akan dilawan di turnamen dan beberapa hal lainnya yang tidak ada perbedaan dalam hal cerita.