KotakGame

Berbeda dengan seri kelima, seri keenam ini tidak di-remake untuk NDS. Seperti seri sebelumnya, seri keenam ini dirilis dalam 2 versi: Cybeast Falzar dan Cybeast Gregar. Bedanya ada pada perubahan bentuk MegaMan nantinya. Lan dan keluarganya telah pindah ke Cyber City. Sementara itu, WWW kembali membuat masalah lagi yang bahkan tidak bisa diatasi oleh Official NetBattlers sekalipun. Maka itu Lan dan MegaMan memutuskan untuk menyelidikinya, dan mereka pun menemukan Cybeast Falzar dan Gregar ada hubungannya dengan komplotan misterius.

WWW Navi, CircusMan, kemudian menangkap salah satu Cybeast, lalu MegaMan pun menangkap Cybeast lainnya ke dalam tubuhnya. Kini mereka harus menemukan siapa penyebab dibalik permasalah yang terjadi.