Cerita dari Radiant Mythology mengambil tempat di suatu dunia dari Terejia, dimana iblis dari dunia lain telah menginvasi dunia tersebut, mengejar orang-orang dari tempat tinggalnya dan membuat kerusakan pada planet tersebut. Suatu pohon yang keramat telah memberikan kehidupan bagi Terejia untuk melindungi dunia dan rakyatnya, namun perlahan-lahan kekuatannya mulai menghilang. Dengan kekuatan terakhirnya, terciptalah sang karakter utama yang akan menyelamatkan Terejia.